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转录因子数据库

2024-12-22数据库阅读 6

1. Cistrome DB： Cistrome DB是一个全面的转录因子数据库，由哈佛大学刘小乐教授课题组创立。它收录了30451人和26013小鼠的转录因子、组蛋白润饰和染色质可及性样本，是研讨ChIPseq和DNaseseq数据的重要资源。

2. PlantTFDB： PlantTFDB专心于植物转录因子，最新版别PlantTFDB 5.0已整合到PlantRegMap中。它供给多种植物的转录因子数据，包括拟南芥、大豆、水稻、杨树、西红柿和玉米等。

3. AnimalTFDB： AnimalTFDB是一个包括183个物种的转录因子数据库，包括12万个转录因子和8万个转录辅因子的分类、注释和表达数据。用户能够经过转录因子宗族或物种进行查找。

4. JASPAR： JASPAR是一个供给转录因子结合位点的数据库，它包括了跨多个物种的转录因子方位频率矩阵和灵敏模型。用户能够查找、阅读、下载和运用JASPAR数据，用于富集剖析、转录因子结合位点提取和基因组追寻等。

5. hTFtarget： hTFtarget是一个专门针对人类转录因子的数据库，收录了659个转录因子的ChIPseq试验样本和699个转录因子的高可信度DNA结合序列。它分为TF、Target、Peak、Coregularion、Coassociation和Prediction六个模块，用户能够查询转录因子的首要调控基因。

6. footprintDB： footprintDB是一个包括最全物种的转录因子和motif的数据库，每月更新。它包括8600个转录因子、12700个motif和27300个DNA结合位点，能够处理实践的科研问题。

7. dbCoRC： dbCoRC是一个全面的交互式中心发动因子数据库，依据H3K27ac ChIPSeq数据的核算剖析，包括来自188个人类和50个鼠类样本的CRC模型。

8. TRANSFAC： TRANSFAC是一个经典的转录因子及其靶基因数据库，供给转录因子的详细信息及其靶基因的调控数据。

这些数据库供给了丰厚的转录因子信息，适用于不同的研讨需求，用户能够依据详细的研讨意图挑选适宜的数据库进行查询和剖析。