蛋白质数据库有哪些, 常用蛋白质数据库介绍

1. UniProt：这是最广泛运用的蛋白质序列数据库，包括很多的蛋白质序列、功用描绘和分类信息。

2. NCBI Protein：由美国国家生物技能信息中心（NCBI）保护，包括从GenBank、RefSeq和其他来历搜集的蛋白质序列。

3. PDB（Protein Data Bank）：存储了生物大分子（包括蛋白质）的三维结构信息。

4. Pfam：一个蛋白质宗族数据库，经过多序列比对和隐马尔可夫模型（HMM）来描绘蛋白质宗族的保存结构域。

5. InterPro：一个整合的蛋白质宗族、结构域和功用位点数据库，它结合了多个独立数据库的信息。

7. CATH（Class, Architecture, Topology, Homology）：一个蛋白质结构分类数据库，根据蛋白质的结构特征进行分类。

8. SCOP（Structural Classification of Proteins）：另一个蛋白质结构分类数据库，根据蛋白质的折叠类型进行分类。

9. ExPASy：瑞士生物信息学研讨所（SIB）供给的蛋白质剖析东西和数据库调集。

10. STRING：一个蛋白质蛋白质相互效果数据库，供给生物体中蛋白质之间相互效果的网络信息。

11. KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）：一个整合了基因组、生物化学途径和疾病信息的数据库，其间也包括蛋白质序列信息。

12. Metacyc：一个关于代谢途径的数据库，其间也包括相关的蛋白质信息。

这些数据库供给了丰厚的蛋白质信息，关于生物学家、生物信息学家和医学研讨人员来说都是名贵的资源。挑选适宜的数据库取决于研讨意图和所需信息的类型。

蛋白质数据库：生命科学研讨的重要东西

蛋白质是生命活动的根本物质，其结构和功用的研讨关于了解生命现象、疾病机制以及药物研制具有重要意义。蛋白质数据库作为存储和检索蛋白质相关信息的渠道，为科研工作者供给了强壮的数据支撑。本文将介绍一些常用的蛋白质数据库，并讨论它们在生命科学研讨中的使用。

常用蛋白质数据库介绍

1. UniProt

UniProt（The Universal Protein Resource）是一个综合性的蛋白质数据库，整合了Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子数据库的资源。它供给了具体的蛋白质序列、功用信息，如蛋白质功用描绘、结构域结构、转录后润饰、润饰位点、变异度、二级结构、三级结构等，一起供给其他数据库的链接。

2. PDB

PDB（Protein Data Bank）是现在最主要的搜集生物蛋白质三维结构的数据库。它经过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等试验手法确认的三维结构数据库，内容包括蛋白质的原子坐标、参阅文献、一级和二级结构信息，也包括了晶体结构因数以及NMR试验数据等。

3. SCOP

SCOP（Structural Classification of Proteins）数据库供给了一个对一切已知结构的蛋白质之间的结构和进化联系的具体和全面的描绘。它由人工查看创立，由一系列自动化办法支撑，旨在供给对一切已知蛋白质折叠的广泛查询，以及关于任何特定蛋白质的近亲的具体信息。

4. InterPro

InterPro是一个集成的蛋白质和数据库，包括关于蛋白质宗族、域、重复序列、和效果位点等数据资源。它供给了来自不同数据库的确诊签名的，形式多样的蛋白质功用注释。

5. BioXFinder

BioXFinder是国内第一个也是仅有一个生物数据库，收录了50多万条高质量的、整合多个来历数据，手艺注释的非冗余的蛋白质信息。它包括蛋白质的根本信息、序列、序列特征、功用、称号和谱系、亚细胞定位、疾病与变异、翻译后润饰、表达、相互效果等信息。

蛋白质数据库的使用

1. 蛋白质序列剖析

蛋白质数据库为科研工作者供给了很多的蛋白质序列信息，有助于进行蛋白质序列剖析，如序列比对、同源性剖析、进化剖析等。

2. 蛋白质结构猜测

蛋白质数据库中的三维结构数据为蛋白质结构猜测供给了重要的参阅。科研工作者能够使用这些数据，经过同源建模、模板建模等办法猜测不知道蛋白质的结构。

3. 蛋白质功用注释

蛋白质数据库中的功用注释信息有助于科研工作者了解蛋白质的功用，为研讨蛋白质在生物体系中的效果供给根据。

4. 蛋白质互作网络剖析

蛋白质数据库中的蛋白质互作信息有助于构建蛋白质互作网络，提醒蛋白质之间的相互效果联系，为研讨信号通路、疾病机制等供给线索。

蛋白质数据库是生命科学研讨的重要东西，为科研工作者供给了丰厚的蛋白质相关数据。跟着生物信息学技能的不断发展，蛋白质数据库将不断完善，为生命科学研讨供给更强壮的支撑。